Em San Fernando Valley, Califórnia, nove pessoas terão suas vidas interligadas através de "O Que as Crianças Sabem", um programa de televisão que existe há anos, onde um grupo de crianças desafia adultos. Se conseguirem o feito, ganharão uma alta soma de dinheiro. No time de crianças está Stanley Spector (interpretado por Jeremy Blackman), garoto prodígio que está começando a ficar cansado disto, pois percebe, entre outras coisas, que está sendo usado pelo pai (Michael Bowen) para ganhar dinheiro. O programa de tv é comandado por Jimmy Gator (Philip Baker Hall), um veterano da televisão que sofre de câncer, mas oculta a doença dos demais. Por coincidência, Earl Partridge (Jason Robards), o produtor do programa, está morrendo de câncer no cérebro e pulmão, tendo os seus dias contados (vide foto acima). Earl é marido de Linda Partridge (Julianne Moore), que se casou com ele por dinheiro, mas que se encontra desesperada, pois descobriu que ama o marido. Earl tem um enfermeiro particular, Phil Parma (Philip Seymour Hoffman), que lhe dá toda a atenção como profissional e como amigo. Earl pede a Phil que entre em contato com Frank T.J. Mackey (Tom Cruise), filho rejeitado por Earl que cresceu odiando o pai. Frank é um show-man que dá seminários para homens solteiros, onde ensina técnicas para seduzir mulheres. Frank odeia o pai porque Earl abandonou sua primeira esposa, mãe de Frank, após vinte e três anos de casados, quando esta estava com câncer, e deixou Frank com apenas quatorze anos para cuidar da mãe em estado terminal. Desta época em diante Earl e Frank nunca mais se falaram, mas Phil tenta localizar Frank de qualquer jeito para avisar que seu pai está morrendo. A falta de comunicação entre pais e filhos, um dos temas candentes de Magnolia, aparece também na relação de Jimmy Gator, o apresentador de tv, com sua filha, Claudia Wilson Gator (Melora Waters), jovem viciada em cocaína, que não fala com o pai, pois o acusa de tê-la molestado sexualmente. Jim Kurring (John C. Reilly) é policial que, certa noite, vai à casa de Claudia, após sido recebido queixa de vizinhos que denunciavam o som muito alto no apartamento dela. De imediato, Jim se apaixona por ela, e ela se sente atraída por ele, mas, ao mesmo tempo, está insegura em manter esta relação de enamoramento. Para concluir a aprseentaçào da trama complexa de “Magnólia”, temos o drama trágico de Donnie Smith (William H. Macy), homem de meia-idade que, em 1968, chegou a estabelecer o recorde do programa "O Que as Crianças Sabem", mas quando ficou adulto, tornou-se um patético fracassado em busca desesperada da felicidade. “Magnólia” é uma filme complexo que expõe, através de sua narrativa, as misérias das relações sociais numa sociedade de mercadorias, cujo metabolismo social se baseia nos valores estranhados do dinheiro e do sucesso a qualquer preço, com destaque para as relações fetichizadas entre pais e filhos, marcadas pela falta de comunicação, manipulação e indiferença (é o caso de Earl e Frank, Jimmy e Claudia e Stanley e seu pai). É a perspectiva da morte que tende a alterar a dinâmica reiterativa de relações sociais estranhadas (por exemplo,ao saber do câncer em estado terminal, Jimmy busca sua filha Claudia; outro personagem com câncer, Earl busca desesperadamente seu filho Frank; Linda, que se casou por dinheiro com Earl, diante da iminência de morte do marido, descobre que o ama). De certo modo, o filme expõe o esgotamento da lógica reiterativa do fetichismo do dinheiro através, por exemplo, das mudanças de atitude do jovem Stanley, que se recusa a ser manipulado pelo pai (de certo modo, o trágico Donnie é o Stanley que não desistiu de ser manipulado pelos adultos, há cerca de trinta e cinco anos). Por isso, a canção “Wise up” nos diz “Isto não vai parar; portanto, apenas desista”. Enfim, desista! - reitera o filme. É o que faz Stanley, Claudia, Frank (e inclusive Donnie) que rompem o circulo vicioso da incomunicabilidade e do desespero exposto pelas misérias da sociedade estranhada do capital.
